Region Wallacea terdiri dari Sulawesi dan pulau-pulau kecil di sekitarnya, dan pulau-pulau di gugusan sunda kecil yang meliputi wilayah seluruh Nusa Tenggara. Wilayah ini juga termasuk Kepulauan Maluku baik di bagian utara maupun di bagian selatan, kecuali Pulau Aru yang secara ekologi menjadi bagian dari region Papua.
Wallacea merupakan pusat endemisitas keanekaragaman spesies burung di Indonesia. Tercatat ada 650 spesies burung, dimana 265 spesies diantaranya merupakan endemik Wallacea. Wallacea menjadi rumah bagi 5% burung terancam punah di dunia.
Wilayah ini memiliki 10 Daerah Endemik Burung (Endemic Bird Area) (Stattersfield et al. 1998) dengan 112 Daerah Penting Burung (Important Bird Area) yang tersebar di Sulawesi 33 lokasi, Maluku 36 lokasi, dan Nusa Tenggara 43 lokasi (Rombang et al. 2002).
Baru-baru ini sebuah tim khusus yang dibentuk oleh CEPF (Critical Ecosystem Partnership Fund) Wallacea telah berhasil mengidentifikasi 293 calon Key Biodiversity Area (KBA) dengan luas total 13,89 juta hektar. KBA adalah lokasi yang sangat penting bagi perlindungan keanekaragaman hayati dalam sebuah hotspot. Hasil identifikasi lanjutan menemukan 230 unit area merupakan KBA darat dan 63 lainnya merupakan KBA laut.
Sulawesi memiliki KBA terbanyak yaitu 117 disusul Nusa Tenggara dengan 114 KBA dan Maluku dengan 62 KBA. Sementara itu, Timor-Leste tercatat memiliki 16 KBA darat dan 1 KBA laut. Sebagian dari daerah penting tersebut telah ditetapkan sebagai kawasan dilindungi (taman nasional, cagar alam, maupun suaka margasatwa). Namun, sebanyak 187 KBA atau sekitar 63% dari seluruh KBA di Wallacea berada di luar kawasan perlindungan (www.wallacea.org).
Kekayaan keanekaragaan hayati Sulawesi sangat dipengaruhi oleh proses pembentukan daratannya. Daratan Sulawesi terbentuk dari tiga daratan yaitu lempeng Eurasia di bagian Barat, Lempeng Pasifik di bagian utara, dan lempeng Australia di bagian tengah dan tenggara.
Pembentukan daratan Sulawesi terjadi pada era Cenozoic yaitu pada masa 50 juta tahun yang lalu. Pada masa itu lengan bagian barat, tengah, utara, dan selatan terbentuk. Selanjutnya pada 34 juta tahun yang lalu terbentuk Pulau Banggai, Sula, Tukang Besi, dan juga lengan timur dan tenggara.
Pada masa Miocene diantara 21-8 Juta tahun yang lalu Pulau Banggai, Sula, Tukang Besi semakin luas dan Sulawesi bagian timur dan barat mulai menyatu. Penyatuan akhir dari Sulawesi terjadi pada 4 juta tahun yang lalu (Moss & Wilson 1998). Meskipun ada perbedaan mengenai angka tahun kejadian pembentukannya, namun masih pada kisaran waktu yang sama. Lee et al. (2001) misalnya menyatakan bahwa penyatuan daratan Sulawesi bagian barat dan timur terjadi mulai 15 juta tahun yang lalu.
Perpaduan lempeng bumi dan proses isolasi yang sangat lama menyebabkan Sulawesi memiliki keunikan dalam hal spesies flora dan fauna. Sejumlah 104 spesies reptilia di Sulawesi, 29 spesies diantaranya endemik. Sementara ada 127 spesies mamalia di Sulawesi, 79 diantaranya endemik (Lee et al. 2001). Sulawesi memiliki 356 spesies burung, dimana 96 spesies adalah endemik. Salah satu spesies endemik tersebut adalah Maleo Macrocephalon maleo dengan populasi antara 4.000-7.000 pasang dewasa (Mittermeir et al. 2004).
Collin et al. (1991) menyatakan bahwa tipe hutan di Sulawesi didominasi oleh hutan pegunungan . Hal ini dikarenakan daratan Sulawesi memiliki gunung-gunung sebagai dampak tumbukan lempeng bumi pada masa lalu. Gunung api di Sulawesi juga tercatat yang paling banyak di Indonesia. Wilayah ini umumnya rentan terhadap gempa karena aktivitas vulkanik.
Sulawesi memiliki hutan hujan tropis dataran rendah yang luas, kecuali di semenanjung barat daya. Dibandingkan dengan wilayah di bagian barat, Sulawesi memiliki kekayaan jenis flora yang lebih sedikit. Pohon dari jenis Dipterocarpaceae tercatat hanya 6 spesies. Sementara spesies pohon yang mendominasi adalah Agathis dammara dan Diospyros spp.
Sulawesi juga memiliki hutan batuan ultra basic paling luas berada di tropis teletak di Teluk Bone. Sementara mangrove terbatas di bagian selatan dalam luasan yang kecil.
Tipe vegetasi wilayah Maluku beragam seiring dengan banyaknya pulau-pulau yang menyusun wilayah Maluku. Maluku memliki hutan hujan dan hutan musim. Pada pulau-pulau yang rendah, Maluku memiliki hutan dataran rendah.
Sementara itu, hutan pegunungan terdapat pada beberapa pulau dengan gunung api yang menjulang seperti di Pulau Seram. Maluku juga memiliki sejumlah kawasan rawa sagu Metroxylon sagu yang luas. Hutan mangrove terdapat pada lekukan-lekukan pulau dalam luasan kecil. Sementara itu, hutan musim terdapat di pulau-pulau kecil di bagian Selatan.
Alam Nusa Tenggara secara jelas memperlihatkan tipe vegetasi hutan monsun. Sumbawa, Flores, Sumba, dan Timor merupakan pulau-pulau utama di wilayah ini. Curah hujan yang rendah, suhu tinggi , menyuguhkan bentang alam yang eksotis kawasan Nusa Tenggara. Collin et al. (1991) menyatakan bahwa ekosistem savana dengan jenis tumbuhan Casuarina sp dan Eucalyptus sp mendominasi wilayah ini. Hutan hujan selalu hijau bertahan di lembah-lembah yang sempit.
Secara khusus, Pulau timor memiliki hutan Santalum album (cendana) yang terkenal akan keharuman kayunya. Monk et al. (1997) menyatakan bahwa umumnya tipe vegetasi di Nusa Tenggara adalah hutan gugur daun. Berbeda pula dengan dominasi spesies penyusun hutan dataran rendah di Sumatera dan Kalimantan yang kaya akan Dipetorpaceae, di Nusa Tenggara hanya ada satu spesies Diperocarpaceae yaitu Dipterocarpus retusus.
Spesies ini dapat ditemukan di Nusa Tengggara Barat. Sementara itu di Maluku, terdapat delapan spesies Dipterocarpacea yaitu Anisoptera thurifera, Hopea gregaria, H. iriana, H. novoguineensis, Shorea assamica, S. montigena, S. selanica (endemik Maluku) dan Vatica rassak.
